Quý III/2016, Cục Thuế TP Hà Nội đã thực hiện thanh tra theo chuyên đề chống thất thu thuế, chống chuyển giá, hoàn thuế… tập trung thanh tra, kiểm tra các doanh nghiệp theo chuyên đề có dấu hiệu chuyển giá, có giao dịch liên kết, các đơn vị có rủi ro cao về thuế. Đồng thời, cử cán bộ, công chức tham gia các đoàn kiểm tra liên ngành Thành phố về kiểm tra an toàn thực phẩm đối với các mặt hàng thực phẩm, thực phẩm chức năng trên địa bàn Thành phố.

Trong tổng số gần 4.000 doanh nghiệp mà Cục Thuế thanh tra, kiểm tra, có 2.888 doanh nghiệp vi phạm. Tổng số kết quả xử lý sau thanh tra, giảm khấu trừ là 133,692 tỷ đồng; giảm lỗ 2562,706 tỷ đồng; Tổng số truy thu, truy hoàn và phạt là 1153,549 tỷ đồng; giảm hoàn 25,460 tỷ đồng.