Dự án Nạo vét, cải tạo lòng dẫn sông Đáy, thành phố Hà Nội được Bộ Nông nghiệp và PTNT phê duyệt dự án tại Quyết định số 3740/QĐ-BNN-TL ngày 27/11/2008 với quy mô nạo vét sông Đáy đoạn từ hạ lưu đập Đáy đến cầu Mai Lĩnh dài 25,6km, khôi phục 06 cầu cơ giới qua sông; Tổng mức đầu tư là 349.038 triệu đồng.

Ngày 30/10/2014, Bộ Nông nghiệp và PTNT ban hành Quyết định số 4728/QĐ-BNN-TCTL phê duyệt điều chỉnh, bổ sung dự án Nạo vét, cải tạo lòng dẫn sông Đáy, thành phố Hà Nội, theo đó quy mô đầu tư điều chỉnh là nạo vét sông Đáy đoạn từ hạ lưu đập Đáy đến phường Yên Nghĩa dài 23,1km, khôi phục 07 cầu cơ giới qua sông (gồm các cầu: Hiệp Thuận, Dương Liễu, Yên Sở, Đắc Sở, Cầu 72, Tân Phú, và Đại Thành), cải tạo, nâng cấp 05 trạm bơm bên bờ sông (gồm: Cát Quế, Yên Sở, Bồ Đề, Đại Thành, Ba Nhà) tổng mức đầu tư dự án được điều chỉnh là 828 tỷ đồng; đồng thời phân kỳ đầu tư thực hiện dự án thành 2 giai đoạn:

+ Giai đoạn I: (Thực hiện từ năm 2009 đến năm 2015) Nạo vét sông từ hạ lưu đập Đáy (K0) đến K8+700 (nắn thẳng đoạn Hiệp Thuận) chiều dài 8,7km (tương ứng đoạn từ hạ lưu Đập Đáy đến xã Yên Sở huyện Hoài Đức); xây dựng cầu Hiệp Thuận, tổng kinh phí là 349.038 triệu đồng. Giai đoạn I đã hoàn thành và bàn giao công trình đưa vào sử dụng.

+ Giai đoạn II: Nạo vét đoạn từ K8+700 đến phường Yên Nghĩa chiều dài 14,4km; xây dựng 06 cầu qua sông (gồm các cầu: Dương Liễu, Yên Sở, Đắc Sở, Cầu 72, Tân Phú, và Đại Thành); nâng cấp 5 trạm bơm ven sông (gồm: Cát Quế, Yên Sở, Bồ Đề, Đại Thành, Ba Nhà). Tổng kinh phí là 478.962 triệu đồng và chỉ được thực hiện khi được bố trí vốn. Sở Nông nghiệp và PTNT đã đề xuất Bộ Nông nghiệp và PTNT bố trí vốn để triển khai thực hiện, tuy nhiên đến nay Bộ Nông nghiệp và PTNT chưa cân đối bố trí vốn cho dự án.